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Magdala liegt im Magdalaer Graben, der die geologische Formation der Ilm-Saale-Platte in hercynischer Richtung teilt, in etwa 280 Metern Höhe. Entlang des Grabens erstreckt sich von Süden nach Nordwesten das Tal der Magdel, eines Nebenflusses der Ilm. Westlich liegt der 496 Meter hohe Kaitsch (Kötsch) und östlich der 422 Meter hohe Coppanzer Berg. Weimar liegt etwa zwölf Kilometer nordwestlich, Jena etwa zehn Kilometer östlich. Die Ortsteile Ottstedt und Maina liegen westlich der Stadt, Maina bereits auf der anderen Seite der Bundesautobahn 4, während das Dorf Göttern südöstlich von Magdala liegt. Weitere Nachbarorte sind Kleinschwabhausen und Döbritschen im Nordosten sowie das zu Blankenhain gehörende Niedersynderstedt im Süden. Die Wüstung Wüste Flur befindet sich unmittelbar an der heutigen Stadt.
